Andrej Nikolaidis est né en 1974 à Sarajevo dans une famille mixte issue du Montenegro et de la Grèce. Jusqu'à l’âge de 6 ans, il a habité à Ulcinj, où il est revenu en 1992 quand la guerre éclatait en Bosnie. Depuis 1994, il écrit pour des médias régionaux indépendants et libéraux, ainsi que pour des magazines culturels. Il est souvent considéré comme l’un des jeunes intellectuels les plus influents de sa région, connu pour son activisme contre la guerre et pour son combat pour les droits des minorités.
Andrej Nikolaidis a aussi publiquement défendu les victimes de tortures policières, raison pour laquelle il a été victime de menaces à maintes reprises, dont une menace de mort lors d’une prestation en direct à la radio. Il a souvent soutenu qu’il considérait la liberté d’expression comme étant à la base de la liberté.
Il a travaillé comme chroniqueur pour le magazine hebdomadaire Monitor et pour des publications dont Vijesti (Montenegro), Dnevnik (Slovenie), Slobodna Bosna (Bosnie-Herzegovine), E-novine (Serbie) et Koha Ditore (Kosovo). Depuis 2010, il est consultant pour la culture et la société libre au parlement du Montenegro.